24 Ocak 2020'de meydana gelen, 6,8 büyüklüğündeki Elazığ- Malatya depremi camiye hasar vermiş, ana kubbenin bir bölümünde çökme, duvarlarında çatlama, minare külahlarında dökülme meydana gelmişti. Depremin ardından tehlike oluşturduğu için ibadete kapatılan 'Yeni Cami' için, depremden aylar sonra Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından ihale düzenlenmiş, ihale ile ilgili Genel Müdürlük ve Malatya Müdürlüğü arasında yaşanan sorunlara rağmen, onarım ve restorasyon çalışmalarına Ekim 2020'de başlanmıştı.

Ana kubbe ve hasar gören diğer kubbeler tamamen sökülüp değiştirilirken, doğu ve batı yan duvarlarına da payandalar eklenerek yapı güçlendirilmişti. Caminin iç duvarları da güçlendirilirken, ahşap olan taban da Eylül ayında sökülerek temel ortaya çıkarılmış ve temelde güçlendirme yapıldıktan sonra, taban yeniden ahşap olarak inşa edilmişti. Ayrıca caminin her iki minaresinin üst kısmı da şerefelerinden itibaren  yenilenmişti.

Yeni Cami’nin restorasyonunda dikkat çeken detaylardan birini, caminin ana girişi olan batı ve doğu kapısının merdivenlerinin sağ ve solunda bulunan abdest alma musluklarının kaldırılıp, kanalın ise kapatılması oluşturmuştu. Bunun yerine cami avlusunun kuzey kısmına yeni abdest yerleri yapılmış, ancak yüksek maliyetli imalatların oluşturduğu 'duvarlar'larla caminin görünümünün bozulması tepkilere yol açmış, bu konu bir süre tartışılmış, 40'ın üzerinde STK toplu açıklama yaparak, bu durumun düzeltilmesi istenmişti.

Yeni Camii’nin avlusuna dışarıdan duvar gibi yapılan ve tepki çeken, aylardır çözüm üretilmeyen, olduğu gibi yerinde bırakılan ve adeta 'dış duvar' gibi yapılan abdest alma yeri için adım atmayan Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından bu kez caminin avlusuna dev şemsiye kazıkları dikildi.  Demir kazıklar ve şemsiyeler Yeni Camii’nin, yeni abdest alma yerinin dış görünümünü engellediği Yeni Cami'nin avlu içinden yakın görünümünü de tamamen bozdu.

Bunun yanı sıra, kuzey tarafında yapılan ‘abdest duvarı’na tepki gösteren Malatya Büyükşehir Belediyesi ise, İnönü Kapalı Çarşısı'nın karşısındaki merkez otobüs durağını ‘abartılı’ bir şekilde yeniden yapmış ve caminin güney cephesinden görünümü önemli ölçüde engellenmişti.

Yaklaşık 110 yıllık tarihi bulunan camide başlatılan restorasyon iş ve işlemlerine  avlu kısmına şimdiye kadar ihtiyaç duyulmayan şemsiye ve şemsiye kazıklarının yerleştirilmesinin, müteahhide daha çok para kazandırılmasını amaçlayan, ihale sonrası çok sayıda ek projeyle çıkarılan ek işlerden sonuncusu değerlendirmesi yapılırken, Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün bu konudaki yerel tepkilere aldırış etmeden 'Tepteze' bir 'Teze Cami' ortaya çıkardığı eleştirileri yapıldı.